検索サイトで検索されたページはトップページとは限りません。したがって、検索ユーザーがどのページからでもサイト内の必要な情報にたどり着けるように配慮してサイトデザインを行う必要があります。
また、検索ロボット（クローラー）がリンクをたどれないページは登録されませんから、検索ロボットがリンクをたどれるように配慮する必要もあります。
「戻る」や「トップページ」といったリンク表記は好ましくありません。トップページから順に巡ってきたユーザーにはどのページに飛ぶのかが理解できますが、検索サイトからそのページに飛んできたユーザーにはどのようなページに飛ぶか理解できないからです。行き先のわからないリンクが多いページでは、ユーザーは正しい情報にたどりつけずに他のページに行ってしまうかもしれません。
「サイト名トップページ」のようにサイト名を入れることで、リンク先のページ内容を記述します。これはリンクポピュラリティの向上にも貢献します。
FlashやJavaScriptを使ったリンクは、検索ロボットには障害になるため、SEO的には使用すべきではありません。
サイト内はトップページからツリー状に構成されるのが通常ですが、末端を見ているユーザーがサイト内の他のコンテンツを見るためにいちいちトップページに戻らなければならないのは、検索ユーザーにとっては正しいページに辿り着くための障害となります。
これを解消するため、サイト内のカテゴリを示すメニューを用意して移動できるようにします。これをグローバルナビゲーションと呼びます。
サイト内での現在のページの位置を示すために、トップページからそのページまでたどる道筋をリンクで示します。これをパンくずリストと呼びます。
検索ロボットは、body要素の上部にあるものほど重要であると位置づけます。したがって、メニューをコンテンツよりも上部に記述した場合には、検索エンジンにとってはメニュー部分の方が重要だと判断されてしまいます。
table要素を用いてレイアウトを記述しようとした場合には、メニューを左に配置するためには、コンテンツよりも先にメニューを記述しなければなりません。
CSSを用いてレイアウトを指定すれば、コンテンツ、メニューという順にHTMLを記述しても、左にメニュー、右にコンテンツというレイアウトが実現できます。
フレームを使ったページの場合、検索されるのは主にコンテンツ部分のページになります。コンテンツ部分だけを表示した場合には、メニューなどが表示されないため、サイト内の他のページに行く手段がなかったりします。SEOを意識するならば、フレームを使わない方が良いでしょう。
フレームを使ってサイトを作る場合でも、各コンテンツページにはパンくずリストを入れるなどでサイトのトップページをたどってフレームが表示できるように配慮する必要があります。
SEOの観点からするとサイトのトップであるindex.htmがフレーム構成だけからなる情報のないページになってしまうのもフレームの欠点といえます。
さらに、各コンテンツページのURLアドレスがわかりずらい（表示されない）ため、外部からリンクが貼られにくいという欠点もあります。
サイト内のページ構成を示すサイトマップは、検索ユーザーにとってわかりやすいだけではなく、リンクポピュラリティの向上に貢献するため検索ロボットに対しても有効です。